Bubba estreou a temporada 2009 na nova equipe San Manuel/Yamaha, depois de anos correndo pela Kawasaki, e no campeonato americano de supercross deste ano, conquistou mais um título. Ele disputou toda a temporada com o australinao Chad Reed, que também estreou equipe nova, a Suzuki/Rockstar. Eles foram até a última etapa brigando pelo campeonato, mas Bubba tinha uma vantagem suficiente para a vitória.
Mas depois do supercross, ele decidiu tirar umas férias e não correu o AMA Motocross, vencido por Reed, contudo, ele decidiu participar dos X Games 15, nas provas de Best Trip e Supermoto, na primeira ficou com a medalha de prata, contudo na outra modalidade, caiu nos treinos e lesionou o ombro, ficando de fora da prova.
Não foi para o Motocross das Nações, se recuperando da lesão, mas decidiu participar do US Open, prova que acontece anualmente no MGM Grand Garden Arena em Las Vegas/Nevada.
Bubba estreou a nova Yamaha YZ 450F com o revolucionário motor "invertido" e parece que não teve problemas de adaptação com o novo equipamento. Na primeira noite ele venceu, com Davi Millsaps (Honda) em segundo e Dan Reardon (Honda) em terceiro. Ryan Villopoto também retornou as competições, depois da lesão no joelho durante o AMA Motocross, mas neste primeiro dia de prova, teve problemas com sua motocicleta e acabou ficando de fora.



Na segunda noite, Bubba repetiu o resultado e venceu novamente, com Villopoto em segundo e Millsaps em terceiro. Destaque para o "veterano" Ezra Lusk, que decidiu participar da prova, conquistando um oitavo lugar na segunda noite, seu melhor resultado.
James Stewart venceu na classificação geral, e levou o prêmio de 100 mil dólares, o segundo colocado, Millsaps, ficou com o cheque de 35 mil e Reardon, o terceiro, de 20 mil.






Na prova também rolou uma "competição" entre os mecânicos, onde eles teriam que trocar a roda mais rápido possível e passar com a motocicleta pelo gate. Carlos Rivera, mecânico de Millsaps foi o vencedor.


Resultado final

1 James Stewart/Yamaha
2 Davi Millsaps/Honda
3 Dan Reardon/Honda
4 Ryan Villopoto/Kawasaki
5 Michael Byrne/Suzuki